Το νησί χαρακτηρίζεται από αμμόλοφους στους οποίους αναπτύσσονται αμμόφιλες του είδους Ammophila arenaria και υπάρχει σημαντικός αριθμός από κρίνους της θάλασσας. Πάνω στους αμμόλοφους έχουν φυτρώσει επίσης και άρκευθοι (Juniperus oxycedrus ssp. macrocarpa). Άλλα φυτά που αναπτύσσονται στους αμμόλοφους είναι τα αλογοθύμαρο (Anthyllis hermanniae), Silene sedoides, Lotus creticus ssp. cytisoides, Ipomoea stolonifera, Orobanche versicolor και Plantago squarrosa. Στο βραχώδες τμήμα φύονται τα Atriplex halimus, Crithmum maritimum, Inula crithmoides, Capparis orientalis, Euphorbia dendroides και Ficus carica. Στο κεντρικό τμήμα της Ελαφονήσου η βλάστηση είναι φρυγανική το κεφαλοθύμαρο, το ασπροθύμαρο και η αγριομαλοτύρα.^[2] Στο νησί απαντούν επίσης τα ενδημικά είδη φυτών Androcymbium rechingeri και Centaurea pumilio. Το νησί είναι τόπος αναπαραγωγής για τους μαυροπετρίτες και φιλοξενεί επίσης μεσογειακές φώκιες.^[1] Άλλα πουλιά που ζουν στο νησί είναι οι ασημόγλαροι. Στο νησί ζουν κρητικοί αγριογάτοι, ασβοί και σαύρες του είδους Podarcis erhardii, τρανόσαυρες και αγιόφιδα.^[2]

Το νησί αποτελεί πλέον δημοφιλή τουριστικό προορισμό, γεγονός που έχει οδηγήσει υποβάθμιση του φυσικού περιβάλλοντος, καθώς τα φυτά ποδοπατούνται και τα πουλιά παρενοχλούνται, αν και η υποβάθμιση στο ίδιο το νησί είναι μικρή. Στην περιοχή έχουν επίσης στηθεί πρόχειρες εγκαταστάσεις για την εξυπηρέτηση των τουριστών, και τοποθετούνται ομπρέλες και ξαπλώστρες.

Ελληνική Επανάσταση

Στο υψηλότερο σημείο του νησιού υπάρχει πλάκα, η οποία τιμά την μνήμη ενός τραγικού συμβάντος. Συγκεκριμένα, ανήμερα την Κυριακή του Πάσχα, στις 24 Απριλίου 1824, αρκετές εκατοντάδες Έλληνες, κυρίως γυναικόπαιδα, σφαγιάστηκαν στο Ελαφονήσι από Οθωμανούς στρατιώτες. Προκειμένου να γλιτώσουν από τις προελαύνουσες Τουρκικές Οθωμανικές δυνάμεις, σαράντα ένοπλοι άνδρες είχαν βρει καταφύγιο στο νησί μαζί με γυναίκες, παιδιά και ηλικιωμένους, όπου και περίμεναν πλοίο το οποίο θα τους μετέφερε στις Ιόνιες Νήσους. Οι Οθωμανοί στρατιώτες είχαν αποφασίσει να στρατοπεδεύσουν στην παραλία απέναντι από το νησί. Ένα από τα άλογά τους διέσχισε τα ρηχά νερά που χώριζαν το νησί από την στεριά και οι άνθρωποι που κρύβονταν στο νησί αποκαλύφθηκαν. Σύμφωνα με αρκετές πηγές, υπήρχαν συνολικά μεταξύ 640 και 850 άνθρωποι στο νησί, οι περισσότεροι εκ των οποίων σφαγιάστηκαν και οι υπόλοιποι επιζήσαντες πωλήθηκαν στα σκλαβοπάζαρα της Αιγύπτου.^[4][5][6]